بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط با جانهی داده ژنومی شبیه سازی شده با استفاده از مدل های حیوانی مختلف

هدف از این تحقیق ارزیابی مدل­های تک-صفتی و چند-صفتی در سناریوهای مختلف ژنومی با در نظر گرفتن جانهی جهت برآورد صحت پیش­بینی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (G × E) بود. داده‌های ژنومی با تعداد متفاوت جایگاه­های صفات کمی (90 و 900) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیادLD = ) برای تراکم K50 شبیه‌سازی شدند. سپس به‌طور تصادفی 90 درصد نشانگرها حذف و در مرحله بعد این نشانگرها از طریق نرم‌افزار Flmpute (نسخه 2/2) جانهی شدند. میانگین صحت جانهی در سناریوهای با LD زیاد و کم به‌ترتیب 976/0 و 943/0 بود. در همه سناریوهای شبیه‌سازی‌شده تفاوت جزئی بین صحت ژنومی داده‌های اصلی و جانهی مشاهده شد. صحت ژنومی با کاهش سطح LD، وراثت­پذیری و همبستگی ژنتیکی بین صفات کاهش یافت. استفاده از مدل چند-صفتی نسبت به مدل تک- صفتی باعث افزایش صحت ژنومی شد. سطح LD و همبستگی ژنتیکی بین محیط­های مختلف، در صورت وجود اثر متقابل محیط و ژنوتیپ نقش مهمی را ایفا کردند. لحاظ کردن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط و تأثیر آن بر افزایش صحت ژنومی از یک طرف و جانهی تراشه‌های با تراکم کم به تراکم زیاد (خصوصاً در سناریوهای با LD بالا) جهت کاهش هزینه‌های ژنومی از طرف دیگر، می‌تواند راه حل مناسب و کاربردی جهت بهبود انتخاب ژنومی باشد.